그는 1972년 스페인 어머니와 칠레인 아버지 사이에서 태어났으며, 그가 1살때 스페인으로 이주하여, 마드리드에서 공부하며 자랐다. 19살 때 첫번째 단편를 감독하였으며, 23살 때, 도 감독하였다. 그의 영화 <오픈유어 아이즈>는 카메론크로우 감독이 2001년에 톰크루즈, 페넬로페 크루즈, 카메론디아즈와 함께 <바닐라 스카이>라는 영화를 헐리우드에서 리메이크하였다. 이후 아메나바르는 톰 크루즈에 제안을 받아 다음 영화 <디 아더스>를 제작하기도 하였다.