14년의 세월을 지나 깨어난 신지는, 미사토 등 전 네르프 대원들이 결성한 반네르프 조직 "빌레"의 전함 AAA 분더에 있다.
초호기에서 발견된 것은 신지 혼자였고, 아야나미 레이는 없었다.
하지만 신지 탈환을 위해 급습해 온 에반게리온 마크 나인으로부터 레이의 목소리를 들은 신지는 분더를 떠나 네르프로 향한다.
그곳에서 만난 나기사 카오루는 신지에게 변해버린 대지의 모습을 보여주고,
신지는 레이를 구한 것이 지구에 대재앙을 가져온 “니어 서드 임팩트”를 초래했다는 것을 알게 된다.