피로 물든 예루살렘의 골고다 언덕. 로마군의 수장 클라비우스(조셉 파인즈)는 십자가에 못 박힌 예수의 처형을 명한다. 로마군은 예수의 시신을 돌무덤에 봉인하고, 누구의 접근도 허락하지 않는다. 하지만 3일 뒤, 예수의 시신은 흔적 없이 사라지고, 예수가 로마로부터 이스라엘을 구하기 위해 메시아로 부활했다는 희망의 소리가 점차 거세진다.
예수의 시신을 찾아야만 모든 것을 뒤덮을 수 있는 클라비우스는 보좌관 루시우스(톰 펠튼)와 함께 사라진 예수의 3일간의 행적을 뒤쫓기 시작하는데....