“이야기를 하나 해줄게요. 어른이 되지 않는 아이, 그 아이를 죽이려는 해적, 그리고 요정들이 사는 섬에 대한 이야기예요. 하지만 여러분이 들어본 이야기가 아니에요. 왜냐하면 처음엔 적이 친구였다가 친구가 적이 되었거든요. 때론 결말을 제대로 이해하려면 이야기의 시작을 알아야만 하죠”
갓난아기였을 때 고아원에 버려져 여느 소년들과 다름 없이 자란 ‘피터’ 네버랜드를 장악한 해적 ‘검은 수염’ 일당들에게 납치되어 끌려가면서 자신의 출생에 얽힌 비밀을 알게 된다. 한편 검은 수염은 ‘하늘을 나는 소년이 나타나 자신에게 대적한다’는 예언의 주인공이 피터임을 알아채고 그를 제거하려 한다. 이에 피터는 검은 수염에게 대적하기 위해 네버랜드에서 만난 후크와 힘을 합치게 되는데…