의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다.
부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어 있다는 사실을 알게 되는데.. 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격과 다가오는 제한 시간!
코난과 탐정들 그리고 괴도 키드는 과연 수수께끼를 풀고 사상 최악의 위기에서 벗어날 수 있을 것인가!?