평화로운 산호마을을 지키는 슈퍼 영웅 <파이>!

바다 속 슈퍼 영웅 파이는 아름다운 부인 코딜리아와 아들 주니어와 함께 행복하게 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 파이에게 패하고 쫓겨난 후 복수할 날만 손꼽아 기다리던 악당상어 트로이가 찾아와 대결을 신청한다.

더 강력하게! 더 무섭게! 돌아온 악당 상어 <트로이>!

돌아온 트로이는 인간들의 실험약물투여로 인해 몸집도, 힘도 훨씬 강력해졌다. 게다가 악당상어 무리까지 합세해 기세 등등한 상황.

파이는 트로이와 악당상어 무리에 대적하기 위해 친구들의 도움을 받기로 하고 맹훈련에 돌입하지만, 싸움이라곤 재주가 없는 친구들은 고된 훈련에 불만이 커져만 간다. 설상가상 새로 이사온 로니의 아쿠아쇼 오디션에 참가하기 위해, 친구들은 하나 둘 파이 곁을 떠나게 되는데..

과연 <파이>는 악당상어와의 대결에서 이길 수 있을까?