CIA의 극비 프로그램 트레드스톤에 의해 <제이슨 본>을 능가하는 최정예 요원으로 훈련받은 애론 크로스(제레미 레너). <제이슨 본>에 의해 트레드스톤의 존재가 세상에 알려질 위기에 처하자 비상 대책팀의 바이어(애드워드 노튼)는 각국의 모든 1급 요원들은 물론, 트레드스톤 프로그램을 가장 잘 알고 있는 연구원 마르타(레이첼 와이즈)를 제거해 모든 증거를 없애려 한다. 조직의 거대한 음모의 표적이 된 애론 크로스는 마르타와 함께 목숨을 건 반격을 시작하는데...