미래 세계, 무서운 바이러스가 지구를 뒤엎고 거의 모든 인간은 죽음을 당한다. 용케 살아 남은 소수의 인간만이 지하세계에서 목숨을 연장하며 다시 지상으로 나아갈 연구에 몰두한다. 감옥에 수감된 죄수들은 실험용으로 지상으로 내보내는데, 죄수로 수감 중인 에님스 콜 역시 바이러스가 퍼지기 시작한 1996년으로 보내진다. 그러나 착오로 인해 1990년으로 보내지고 그곳에서 캐서린 레일리 박사를 만난다. 정신병동에 수용된 제임스는 제프리를 통해 12 몽키즈라는 단체에 관한 정보를 얻게 된다. 그러면서 1996년 바이러스 확산에 대한 의문을 해결하게 되고 미래에서 다시 96년으로 돌아와 모든 문제를 해결하는데...