[난 뭐든지 할 수 있어. 난 뛰어난 기차야] 최고의 철도기관차를 꿈꾸는 꼬마기관차 <토마스>. 그가 살고 있는 소도어 섬에 새로운 구조본부 건물을 짓는 작업이 한창이다. 욕심많은 <디젤>이 골조에 필요한 조비 나무를 나르며 잘난 척을 하다가, 벼랑 끝에서 위험천만한 상황을 맞이하고 머리좋은 <토마스>가 그를 구한다. 때문에 뚱보 사장님에게 육지 여행을 상으로 받게 된 우리의 <토마스>. 부푼 마음으로 신나는 여행을 떠난다.
[겁내지 않아. 어떻게 하면 안개섬에서 집으로 갈 수 있을까?]
여행을 떠난 것도 잠시, <토마스>는 바다에 표류하게 되고 자신도 모르는 사이에 비밀스러운 전설을 가진 안개섬에 도착한다. 그곳에서 <토마스>는 <대시>, <배시>, <퍼디난드>라는 새로운 친구들을 만나게 되고 소도어 섬으로 다시 돌아갈 묘책을 함께 고민하게 되는데...