1964년 미국 뉴욕의 브롱크스에 자리잡은 성 니콜라스 학교. 활기에 가득찬 플린 신부(필립 세이무어 호프만 분)는 카톨릭에 새 바람을 불어 넣어 평신도들에게 가깝게 다가가려 한다. 반면 한치의 빈틈도 허용하지 않는 엄격한 교장 수녀, 알로이시스(메릴 스트립 분)는 그런 플린 신부를 못마땅하게 여긴다. 그러던 어느 날, 순진하고 어리숙한 제임스 수녀(에이미 아담스 분)가 한창 수업을 하던 중, 플린 신부가 학교의 유일한 흑인 학생인 도널드 밀러를 따로 상담실로 부른다. 그리고 상담실에 다녀와서 뭔가 이상한 행동을 보이는 도날드 밀러. 마침내 제임스 수녀는 그 사실을 알로이시스 수녀에게 알리게 되고, 이때부터 알로이시스 수녀는 플린 신부와 도널드 밀러의 부적절한 관계를 의심하게 된다. 알로이시스 수녀는 자신의 도덕적 확신 이외에 단 하나의 증거도 없으면서, 결백을 주장하는 플린 신부와의 숨막히는 진실게임을 시작한다.