18세기 이탈리아 파두아.
과학자 라파치니는 딸 베아트리체를 위해 식물의 독을 이용해 사람을 독체질로 만드는 비밀 연구를 한다.
베아트리체는 독이 깃든 정원에 갇혀 자라며 독성을 지닌 채 세상과 단절돼 살아간다.

예술가를 꿈꾸는 지오바니는 파두아에 와서 라파치니의 정원과 베아트리체에게 매혹되고, 그림을 통해 그녀와 교감하게 된다.
함께 정원 밖으로 나온 베아트리체는 사람들에게 마녀로 몰려 공격당하고, 라파치니는 인간에 대한 분노를 드러낸다.
각자의 방식으로 사랑을 지키려는 세 인물은 결국 냉혹한 현실과 마주하게 된다.