마틸다는 태어날 때부터 남달리 총명하고 깜찍한 소녀다. 아빠는 중고차 매매를 하는 질 나쁜 장사꾼이고, 엄마는 허구헌날 복권당첨을 꿈꾸는 허황된 여자로 집안에 딸이 있는지조차도 관심이 없다. 4살 무렵부터 책을 왕성히 읽기 시작한 마틸다는 6살이 되던 해에 학교에 입학한다. 어려운 수학문제도 척척 풀고 가끔 초능력을 발휘해 고약한 교장선생을 골탕먹이기도 한다. 마틸다의 담임인 허니는 어릴 때 어머니를 여의고 보모로 들어온 이모에 의해 아버지조차 잃은 아픈 기억을 갖고 있다. 그 악질 보모는 바로 교장선생인 것. 마틸다는 교장선생의 집에 몰래 들어가 옛날 그녀가 훔쳐간 허니 선생의 인형, 초콜릿, 아버지의 사진들을 되찾아와 허니 선생에게 주는데...