지도 제작자이자 언어학자인 마일로는 할아버지에게 말로만 듣던 목동의 일지를 얻는다. 억만장자 휘트모어의 지원으로 각종 전문가들과 아틀란티스를 찾기 위한 탐험에 나선다. 그들은 아틀란티스의 수문장의 공격을 받게 되고 가까스로 소형 잠수함으로 탈출하여 지하에 도착하게 된다. 그들은 힘든 여정길에 추락하게 되고 아틀란티스인을 만나 그들의 안내로 아틀란티스로 들어가게 된다. 아틀란티스의 왕은 그들을 돌려보내려 하고 탐사 대장 루크는 하루를 머물게 요청한다. 키다 공주는 마일로에게 찾아와 도움을 요청하고 도움을 받는다. 탐사대는 보물을 빼앗으려 공주를 인질로 협박을 하는데...