폐허가 된 로란이라는 곳에서 꼭두각시술을 쓰는 무카데를 맞아 싸움을 벌이는 나루토와 7조, 무카데는 예전에 4대 호카게가 봉인한 로란의 땅 밑에 있는 거대한 에너지의 원천인 용맥을 자기 것으로 만들기 위해 봉인을 자신의 몸에 빨아들이려 하고 이를 막으려던 나루토는 무카데와 함께 지하로 떨어진다. 정신을 차린 나루토는 어마어마한 높은 건물이 있는 곳에서 정신을 차리고 노래소리를 따라가다 한 소녀와 마주친다. 지상으로 올라와 엄청난 높은 탑이 즐비한 곳에서 꼭두각시 군단에게 쫓기던 나루토는 얼굴을 가린 나뭇잎마을 닌자들은 만나 도움을 받고 그들은 이 곳이 로란이라며 자신들이 임무를 수행할 동안 마을을 떠나라고 한다. 나루토는 마을에서 퍼레이드를 구경하다 높은 탑에서 떠밀려 떨어진 여왕을 구하고 여왕이 좀 전에 만난 소녀 사라란 것을 알게 된다. 누군가에게 떠밀렸다는 말에 놀란 나루토, 그런 두 사람 앞에 다시 나뭇잎닌자들이 나타나고 경계하는 나루토에게 여왕을 구하러 왔다고 말한다. 지금으로부터 20년 전 미나토 쵸지아빠 시노아빠 세 사람은 3대 호카게의 명령을 받고 로란에 임무를 수행하러 온 것. 4대 호카게 미나토는 특별히 소년 카카시를 동행한다. 미나토는 나루토에게 나루토는 미래에서 왔을 것이라며 6년 전에도 무카데라는 닌자가 갑자기 로란에 나타났다며 안로쿠잔이 용맥의 힘을 이용하여 꼭두각시병기를 개발중이라며 막아야한다고 말하지만 사라는 그 말을 믿지 않는다. 4대 호카게 미나토의 부탁을 받은 나루토는 사라를 지키려 뒤쫓던 중 사라를 붙잡은 자들과 마주친다. 하지만 그들은 여왕의 명령이라며 가족들이 끌려가서 찾으러 온 자들로 사라는 자신이 꼭두각시 공주라고 불리며 사람들이 끌려갔다는 말을 듣고 자신을 환영하던 인파가 다 꼭두각시란 것을 알고 놀란다. 하지만 여전히 사실을 믿고 싶지 않은 사라는 달아나서 어머니가 불렀던 노래를 혼자 부르며 마음을 달랜다. 그리고 어머니의 뜻을 이어받아 여왕으로서 해야할 일을 하라는 나루토의 말에 용맥이 이어진 곳을 추적하다 끌려온 사람들이 병기를 만드는 공장을 발견하고 안로쿠잔 즉 무카데와 마주친다. 무카데의 정체를 알고 무카데가 자신의 어머니까지 죽였다는 사실에 충격받은 사라, 무카데는 거대한 꼭두각시의 일부가 되어 둘을 공격하고 위기의 순간 미나토일행이 도착한다. 사라는 사람들을 데리고 지상으로 피하지만 무카데는 계속 뒤를 쫓고 사라를 잡아 죽이려고 한다. 겨우 위기를 모면한 사라는 어머니의 노래를 떠올리며 사람들을 용맥의 힘이 미치지 못 하는 안뜰로 이끈다. 쵸지아빠와 시노아빠가 남아 무카데를 맞아 싸우지만 용맥의 힘을 계속 공급받는 무카데는 쓰러지지 않는다. 나루토를 먼저 보낸 미나토가 약점을 알아내지만 재생속도가 너무 빨라 방법이 없다. 사라는 나루토가 준 차크라칼을 써서 사람들의 도움을 받아 고장난 자물쇠를 열어 사람들을 들여보내고 용맥을 봉인하러 간다. 미나토는 나루토와 함께 힘을 합쳐 태극나선환으로 무카데를 공격하고 사라가 용맥의 원천을 막은 덕에 무카데는 결국 쓰러진다. 미나토는 용맥을 완전히 봉인하고 얘기를 들어달라는 나루토에게 다시 만날 날이 있을 거라고 말하며 역사가 바뀌면 안 된다며 기억을 지우는 술법을 펼치고 나루토와 야마토는 다시 현재로 돌아온다. 그리고 임무를 마치고 유적을 나선 7조는 용맥을 느끼고 찾아온 사라의 딸과 마주치게 된다.