2015년 현재, ‘세컨드 임팩트’의 충격으로 인류의 절반이 사라진 이 곳에 정체불명의 사도들이 다시 공격해 오기 시작한다. 특무기관 네르프 소속의 14세 파일럿들은 각자의 에반게리온을 타고 사도의 위협에 맞서 싸운다. 자신이 왜 타야 하는지도 모른 체 에반게리온을 타는 신지와 자신의 임무를 묵묵히 수행하는 레이. 그리고 에반게리온을 통해 자신의 능력을 표출하고 싶은 아스카까지! 같은 운명을 타고난 그들은 조금씩 마음을 열고 연대하기 시작한다.

그리고 시시각각 새로운 모습으로 그들에게 공격을 가해오는 사도들. 인류의 운명을 짊어진 그들 모두에게 견딜 수 없는 선택을 하게 하는 최고의 위험이 지금, 시작된다!